全自動(dòng)梯度PCR儀在PCR擴(kuò)增時(shí)加入的引物是利用同位素、熒光素等進(jìn)行標(biāo)記，使用引物和熒光探針同時(shí)與模板特異性結(jié)合擴(kuò)增。擴(kuò)增的結(jié)果通過(guò)熒光信號(hào)采集系統(tǒng)實(shí)時(shí)采集信號(hào)連接輸送到計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng)，得出量化的實(shí)時(shí)結(jié)果輸出。可以檢測(cè)多熒光的標(biāo)記和目的基因表達(dá)產(chǎn)物，因?yàn)橐淮沃荒軝z測(cè)一種目的基因的擴(kuò)增量，需多次擴(kuò)增才能檢測(cè)完不同的目的基因片段的量。多通道利于做多重PCR，實(shí)現(xiàn)一次檢測(cè)多種目的基因的功能。

　　全自動(dòng)梯度PCR儀是一種在實(shí)驗(yàn)室使用頻率及使用時(shí)間非常高的儀器，因此故障率也是比較高的。PCR儀的故障主要有以下幾類：

　　1、制冷半導(dǎo)體故障

　　制冷半導(dǎo)體是PCR儀的核心部件，PCR儀用的制冷半導(dǎo)體都是工業(yè)級(jí)PCR儀專用的半導(dǎo)體片，主要是能耐大的溫度變化。但這些制冷半導(dǎo)體的生產(chǎn)都是半手工的，也沒(méi)有很好的辦法來(lái)檢測(cè)其耐用性。總之是有一定的故障率的。

　　制冷半導(dǎo)體的耐溫度變化次數(shù)是與其材料及生產(chǎn)技術(shù)相關(guān)的。如陶瓷片切塊、非硬性焊接等技術(shù)。好的制冷半導(dǎo)體生產(chǎn)商會(huì)提供溫度變化次數(shù)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。其性能隨溫度變化次數(shù)會(huì)下降。有的PCR儀具有溫度變化次數(shù)計(jì)數(shù)的功能。

　　2、溫度傳感器故障

　　PCR儀用的溫度傳感器是大致有三類，即熱電阻型、熱電偶型和半導(dǎo)體型，熱電阻型、熱電偶型用得多，故障率較低，而半導(dǎo)體型的因?yàn)閮?nèi)含電路，在PCR儀中使用時(shí)故障率較高（當(dāng)然它有其他的優(yōu)點(diǎn)）。有的PCR儀會(huì)報(bào)傳感器故障，其實(shí)傳感器、與傳感器相關(guān)的線路以及傳感器信號(hào)處理電路的故障都有可能。

　　3、控制板故障

　　控制板是PCR儀的指揮中心，其比較容易受到外部因素的影響而出現(xiàn)故障，如灰塵過(guò)多引起控制板溫度過(guò)高、濕度過(guò)大引起電路短路、串?dāng)_（從電源線來(lái)）及電磁幅射（無(wú)線）的干擾等。